公元1243年，域摩·弥觉多吉第五传弟子，祥·更帮图吉宗哲在觉囊山庵中建成觉囊寺，以中观他空见为教理，始传佛佗释迦牟尼所转广分别法轮及密法中所开示圆劫最胜吉祥时轮法门。作为藏传佛教独立分派的觉囊派才最后形成，以寺庙所在地而形成教派之名——觉囊派。

觉囊派发展史中最具影响力的人物是笃补巴·喜饶坚赞和多罗那它，笃补巴曾有弟子2000余，撰有《山法·子义海》、《第四结集》等阐发觉囊派关于“他空见”的教理。此外，尚有《究竟一乘宝性论注》、《现观庄严论注》、《佛教总释》、关于《时轮金刚无垢光疏》的注释和摄义等密教和历算方面的著作，笃补巴成为觉囊教派全盛时期的代表人物。

觉囊派中兴时期代表人物是多罗那它，多罗那它原名贡噶宁波，相传是嘉译师的后裔1608年写成《印度佛教史》，据说印度没有正史。因此，此书在印度有相当的影响，成为印度和国际印度学者研究印度历史的珍贵史料。现有汉文、外文译本多种。此外还有若干阐杨本宗教理的著述。

明万历四十三年（1615）年，多罗那它前往蒙古传教，四世达赖赠给他“迈达理”称号，因此蒙古人称他为“迈达理”活佛。到达漠北后，常驻库伦传法，前后约二十年，深得蒙古汗王的信奉，被尊称“哲布尊丹巴”。多罗那它圆寂后二年，蒙古土谢图汗适得一子，即以此子为多罗那它转世活佛，从此建立了外蒙古哲布尊丹巴活佛的转世系统，此后由于黄教势力的扩展，蒙古各部改宗黄教。

觉囊派的教理是“他空见”，是藏传佛教中一种独立的见解。这种教理认为，任何事物都有它的真实体性，即至高无上，永恒不变的真谛；一般人不能把握真谛，反而在事物自性之上给以“虚妄分别”的认识，从而使对象变成了虚假的东西，般若所谓的“性空”，就是指这“虚妄分别”而言，而不是指事物的本体。事物的“本真”叫做“自”，加在事物身上的“虚妄分别”称作“他”。因此，般若“性空的含义是‘他空’”，而不是“自空”。因此，觉囊派的教理为“他空见”。

觉囊派僧侣的修炼根据佛教密宗《时轮金刚》加行六支瑜伽进行，即在圆满次第修炼气息时，于所缘境上进行的六种瑜伽。1、收摄；2、禅定；3、行风；4、持风；5、随念；6、三摩地。（壤唐县委宣传部）